Тебе нужно настроить в apache субдомен otrs.site.net и замапить его в директорию где лежит otrs
Например:
Listen 80
<VirtualHost *:80>
ServerName site.net
ServerAlias www.site.net
DocumentRoot /var/www/site.net
<Directory /var/www/site.net>
Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
AllowOverride None
Order allow,deny
allow from all
</Directory>
ErrorLog /var/www/site.net/error.log
</VirtualHost>
<VirtualHost *:80>
ServerName otrs.site.net
ServerAlias www.otrs.site.net
DocumentRoot /var/www/otrs.site.net
<Directory /var/www/otrs.site.net>
Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
AllowOverride None
Order allow,deny
allow from all
</Directory>
ErrorLog /var/www/otrs.site.net/error.log
</VirtualHost>