Вариантов, конечно, множество. Нужно делать анализ с целью сужения области поиска. Например, по всем ли целям конверсии упал коэффициент (может кто-то добавил ещё одну цель в Метрику или изменил параметры старых); упали ли другие показатели качества (отказы, глубина, время); изменилось ли распределение трафика по кампаниям; изменился ли CTR; изменилось ли распределение трафика между запросами (например, внезапно выросли переходы по Дополнительным релевантным фразам).
Также нужно точно исключить вероятность изменений на сайте. Часто бывало, что клиент заявлял, что ничего не менялось, а по ходу разбирательств выяснялось, что поставили глючащий онлайн-консультант или обновили версию CMS. Поэтому анализируйте изменились ли показатели эффективности посадочных страниц и наиболее посещаемых страниц; делайте анализ по Вебвизору Метрики; пройдите сами все шаги (причём, как со стороннего компьютера и с других браузеров, так и с мобильного устройства) от посадки до конверсии, чтобы исключить возникающие ошибки; исключите ошибки из-за изменений работы хостинга (время загрузки страниц, переадресации, изменение протоколов).
Просмотрите стратегии, назначенные в кампаниях. Возможно какие-то кампании работают по конверсиям - это может быть ошибка алгоритма Яндекса. Если есть другие системы аналитики, сравните показатели с ними - может быть ошибка в одной системе.
Как видите, причин огромное множество. Старайтесь сузить поиск проблемы, тогда быстро её найдёте. Или, как вариант, всё само собой наладится к тому времени... )