Может ли Яндекс зачесть деньги, предназначенные для другого сервиса в счет старого долга?
Если регистрационные данные организаций разные (директ и бизнес), которые принимали платеж, то - это разные организации, соответственно и ответственность разная (если не указано иное). А вот если данные одинаковые, то решение зависит от настроения левой пятки местного менеджера.