О каких шорткатах речь?
Для всех cli операций я запускаю контейнер в интерактивном режиме и делаю всё там.
docker-compose run --rm -ti php-cli bash
К вопросу о времени запуска контейнеров. Недавно установил SSD, оверхед при запуске контейнера пропал. Compose из nginx, php-fpm, mysql, redis, thumor стартует менее чем за 3 сек.
А профит в разработке это идентичность версий сервисов с prod окружением. Один проект приходится разрабатывать под php 5.5, другой под 5.6, третий под 7. Под каждый проект у меня нужное окружение, хотя на хосте php вообще не установлен.