однозначно HTML5 с Canvas/WebGL.
Я делал и под то, и под то. За какого ...я - могу и в глаз дать.
Flash по факту отмирает, во всех браузерах его поддержка уже загибается, на мобильных уже полностью отошло в прошлое. Да и тем более инструменты для разработки под HTML5 имеются, да и не только.
На том же HaxePunk можно писать почти один в один как на FlashPunk игры, которые будут бегать и в браузере, и как приложения на десктопе, и как чисто мобильные.