Возможно, это не Best Practice, однако у нас в фирме это сделано так:
В папке куда цепляется еще один репо кидается .gitignore, который запрещает хранить все кроме себя тут.
И в основном репо есть ридми, где по-пунктам расписано как и откуда тянуть какие репы и в какие папки складывать.
Имхо, можно фигануть shell-script в основном репозитории, который притянет в нужные папки нужные репы автоматом.