Возможно служба индексирования (Windows Search) или superfetch отъедают все дисковые iopsы.
Для проверки из командной строки дайте такие команды по очереди:
net stop wsearch
net stop sysmain
sysmain - superfetch
wsearch - служба индексирования (в Win10 так, на более ранних версиях не уверен).
Сначала дайте одну команду и посмотрите на эффект, если не помогло - другую.
С виндой ничего не будет, после перезагрузки службы запустятся как обычно.
Если не в этом дело, то возможно диск сбоит - посмотрите в виндовом журнале дисковые ошибки.