Нет, этот механизм не поддерживает субдиректории.
Если вы это сделаете , ресурсы больше не будут доступны,
а компилятор выдаст ошибку, что класс
R.java
был
неправильно сгенерирован.
Однако, есть возможность "смержить" ресурсы в так называемые
"сеты".
Ссылка на документацию.
Update:
Появился специальный
плагин для этого!