Если вы будете менять документы без увеличения их размера, то расти не будет (хотя для WiredTiger может быть не так).
Растет из за того что если вы добавляете данных в документ, он не помещается в прежнее место т.к. занимает уже больше, поэтому его приходится перемещать на новое место. Так и захватывается место.
Ну может надо как-то уменьшить количество изменений существующих документов, особенно если они часто происходят. Не изменять сам документ, например, а создавать новый, ссылающийся на старый.
А если размер так вырастает достаточно медленно, то можно по крону изредка запускать repair.