Проблема была решена входом под любой доменной учёткой кроме учётки администратора. Доменный администратор распознавался как локальный из-за чего отказывалась работать привязка к Microsoft.
Наверное потому, что 2008r2 домен не знает ничего о новых плюшках домена 12.
попробуйте в тестовой лабе разверните 12 сервер с АД и посмотрите на разницу в схемах