Создайте прямоугольник размером с рабочую область и сделайте ему заливку нужного цвета. Конкретно к слою можно применять эффекты наложения и менять непрозрачность — это будет применяться ко всем объектам, которые лежат на слое.
В Иллюстраторе каждый объект по сути в своём слое, поэтому те слои, которые видны в панельке Layers — это по своей сути группы. И да, их можно объединять в группы слоёв.