Вы перед тем, как дом будете строить, начертите план дома, разметите на плане места для окон и дверей?
Так же и архитектура веб-сайта.
Проектирование, прототипирование, проработка архитектуры проекта всегда должны идти перед отрисовкой дизайна, программированием, версткой.
И почитайте про UML.