В частности интересуют, как написали API для Whatsapp, именно приватное, не от разработчиков. Разобрали приложение сниффером и посмотрели куда что идет?
Не видел того API. Ссылку?
Именно сниффером, для HTTP/HTTPS самый удобный Fiddler, для других протоколов - Wireshark (можно на базе PCap и поудобнее сделать самому, чем Wireshark)