Потому что вся конфигурация внутри пакета - это творчество создателей дистрибутива. Они заботятся о том, что у всех демонов из стандартного пакетного менеджера логи находились в похожих местах, конфиги в похожих и так далее.
Вы же, скорее всего, взяли пакет у Сысоева "напрямую" (с nginx.org) и нет там никакого "пакета для убунты", там есть "какой-то deb-пакет с nginx-ом"