Для таких дел в ASP.net MVC есть области (Area). Это когда в сайте, Вы как бы создаёте еще подсайт. Правой кнопкой на проекте, добавить область. Автоматом будет добавлен раздел со своими разделами под контроллеры, модели и вьюшки. Так же будет добавлен маршрут. Обычно как раз админки делают в area. Единственное, придется в ссылках, указывать маршрут, область. Таких областей Вы можете создать сколько угодно, логически разделив сайт на разный контекст.