Запускайте исполнение скриптов с правами конкретного пользователя -
ведь под кчрутом будет доступно именно то, что вы создадите и ничто более.
Имею ввиду, например, что бы работал shutdown в кчруте должно быть /sbin/shutdown и аналогично для остальных команд.
Можно, конечно, отключить опасные функции в самих настройках php/ruby но тогда могут возникнуть проблемы со скриптами.
