Ну раз никто не отвечает..
Посмотрите как это сделано в
https://github.com/yiisoft/yii2-codeception/blob/m...
Конкретно метод mockApplication. Он позволяет перед каждым тестом создать новый инстанс приложения с заданным конфигом (в том, числе с компонентами). Странно что вы его не использовали, потому что это входит в стандартный сетап для тестов в yii2-basic и yii2-advanced шаблонах.