Вы должны передать openssl все необходимые данные в ком. строке, например, ключ -subj и ключи -passin и -passout для указания паролей для файлов приватных ключей. Все остальное, если оно у вас не изменяется (а у вас видимо будет меняться только субъект), можно спокойно указать в openssl.conf, в easy-rsa есть пример конфига. Указать другое имя конфиг файла можно для любой из openssl команд ключом -config.
А, да, еще почитайте про опцию -batch
https://www.openssl.org/docs/manmaster/apps/ca.html , возможно она тоже пригодится.