Ну а в чем проблема «повыбрасывать» всё, что в проекте не будет использоваться?
Есть много шаблонов gulp-проектов, которые опубликованы разработчиками, как «starter kit», по их мнению, для начала разработки чего-то нового. И у всех разный подход к архитектуре проекта.
Вот, например,
один из многочисленных паттернов.
Но, в целом, нужно просто
гуглить, хотя я почти уверен, что в любом из готовых решений будет как излишний "груз", так и недостающие для конкретно взятых целей модули/компоненты/таски и так далее.