Задача странная и непонятная в своем виде, ведь можно было поднять еще один контроллер в паре 2003 передать ему FSMO Роли, опустить старый, а затем поднять уровень леса.
Но раз так, то:
1. Выводите и заводите станции в новый домен. (ДНС нового КД пропишите ручками)
2. Миграция пользователей между одноименными доменами невозможна, так как вряд ли получится настроить доверие (да и контроллера живого нет), поэтому:
В новом домене SID пользователя будет новый, можно завести пользователя и потом ручками поправить через реестр на рабочей станции у старой учетки SID на новый (пароли естественно надо будет сбросить). Искать утилиты миграции пользователей, но честно оба пути принесут только гемерой.
Насчет DNS и DHCP ответить сложновато, надо понимать какие настройки сделаны. 169.254 стандартная подсеть когда не найден сервер DHCP, так что тут все ок. Но как я предполагаю, машины пытаются обратиться к старому контроллеру домена.