простой вариант - копию фреймворка в поддомен; можно для всех доменов\поддоменов папку system/ вынеста на уровень выше, чтобы она была общей, разными сделать только application/ в каждой папке домена\поддомена
сложный вариант - настройка поддомена на сервере, с прописью dns, затем .htaccess