Штатными средствами этого, как минимум, в Семёрке сделать нельзя, но беглое гугление вывело на
эту софтину, в которой есть такая настройка:
Предположительно, активировав её, шорткаты типа Win+M будут сворачивать окна только на активном мониторе.
Ещё, сказало мне гугление, можно написать похожую функцию на Visual Basic, даже есть
пример.