Вам нужно кастомизировать подгрузку CSV. Определите какое либо поле (набор полей) по которым определяется уникальность товара - это может быть название, артикул и тд. И при загрузке проверяйте на наличие товара с этим уникальным полем. Если его нет - подгружайте из CSV, если есть - пропускайте.