Я как-то сделал около 50 установочных скриптов для развёртывания ПО в silent mode. SCCM, насколько я знаю, развёртывает только msi/mst пакеты. Но есть установщики кроме msi (inno, например) и ключами можно много чего сделать (задать пути, конфигурации установки). Придётся немного повозиться, зато бесплатно. :)
Вот хорошая статья из прошлого, но актуальности не потеряла даже сегодня:
www.oszone.net/2766 (11 лет прошло)
Но это, конечно, на вкус и цвет...