Я вижу два варианта:
1. Использовать два репозитория.
Вы просто клонируете репозиторий еще в одно место и работаете с ним отдельно.
- Весь репозиторий дублируется, но если он не очень большой по размеру - в этом нет ничего страшного
- Переносить изменения между репозиториями надо будет через pull/push, просто commit-ов будет недостаточно. Например, в репозитории (а) делается коммит в ветку (1), в репозитории (б) делается fetch из репозитория (а) ветки (1) и дальше ее коммиты могут уже черри-пикаться или как-то еще переносится в ветку (2).
2. Использовать дополнительную рабочую директорию (git 2.5+)
В новой версии git 2.5
появилась команда для создания дополнительной рабочей директории:
git worktree. Если есть возможность обновить git, это наиболее удобный вариант. Нужно иметь ввиду, что фича пока эксперементальная.