Смотрите логи mysql. Возможно запросы без индексов. Возможно какая-нить innodbшная свистоперделка слетела. Всё в логах будет.
UPD. Ну и написали бы характеристики машины + средние размеры таблиц + нагрузку на mysql (requests per second), например через mytop можно посмотреть.