К сожалению, книг по php подобного рода я не встречал. Если у вас есть желание самостоятельно реализовать что-либо интересное, не изучая предварительно талмуды по каждой отдельной технологии, могу порекомендовать вам книгу Пьюривал Сэмми - «Основы разработки веб-приложений». Это современное введение в веб-разработку для совсем новичков. На протяжении книги разрабатывается приложение «список задач»: кратко описываются html, css, javascript, jquery. В качестве серверной стороны там выбран node.js, но там нет ничего сложного. Вместе с тем рассказывается о noSQL, git, vagrant, развертывании приложения и рефакторинге. Книга небольшая по объему и подходящая для быстрого введения.
Также рекомендую посмотреть общие лекции по веб-разработке от
техносферы, чтобы иметь представление об основах dns, http и БД. Там есть примеры на django, но, учитывая, что вам знаком python, это не должно вызвать трудностей.
Что касается php, то большинство книг по нему описывают сам язык и не описывают, как создавать реальное приложение. «Learning PHP, MySQL, and JavaScript» подойдет для старта, но нужно быть готовым к тому, что так, как показано в книге, сейчас никто не пишет - это код десятилетней давности, а приведен он лишь для иллюстрации базового синтаксиса. Современный php предполагает разработку на фреймворках - их изучением и надо заниматься после освоения языка.
P.S. Похожий вопрос на тостере без привязки к конкретному языку:
Существует ли книга для новичка, в которой показывают разработку реального проекта? 
Средний
