Много чего прочитал, разные решения предлагаются, но я люблю простые решения.
ForceCommand internal-sftp
меняем на
ForceCommand internal-sftp -l INFO -f USER
-f USER нужно чтобы логи сваливались не в auth.log, а в user.log. Таким образом логи авторизации по SSH не будут мешаться с логами работы по SFTP.
Дальше возникает проблема, при авторизации через SFTP пользователь ограничен своим окружением (ChrootDirectory), потому в лог файл ничего не пишется. Решить эту проблема можно по разному, но самое простое:
mkdir /var/www/mysite.ru/dev
touch /var/www/mysite.ru/dev/log
chmod 511 /var/www/mysite.ru/dev
chattr +i /var/www/mysite.ru/dev
mount --bind /dev/log /var/www/mysite.ru/dev/log
То есть просто монтируем в окружение пользователя /dev/log, отсутствие доступа к которому не позволяло вести логи.