я думаю что вы можете пойти двумя путями:
1. отключить флексслайдер на время обновления или даже не отключать его, а просто не отмечать для обновления.Обновиться и потом обновить флексслайдер
2. второй путь: скачайте libraries вручную и закачайте на сайт, заменив прежний модуль libraries. а потом запустите скрипт проверки обновлений и обновите.