Разобрался сам, причина была в том, что при Instantiate нужно было сохранить ссылку на объект и его брать в target для камеры. Типа так:
var HeroSpaceship = Instantiate(Spaceship, new Vector3(x, y, 0), Quaternion.identity) as Transform;
и передавать в камеру HeroSpaceship