1. вариант удалить вирус, насколко я понимаю проблема именно в том что вам постоянно приходится удалять его последствия. Попробуйте ai-bolit.php
2. вам реально проще посадить прогера php поскольку в прегматч всеже больше возможносте чем в консоли.
3. Если же вы хотите с баша то sed вам в руки, и регулярки кстати тоже.
Вам нужно удалить только две строки
RewriteRule \.(jpg|png|gif|jpeg|bmp)$ - [L]
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} android|bb\d+...
Остальное вам не помешает.
4. Отключить вобще htaccess на сайте а нужные конфиги вынести в виртуалхост
5. Перейти на nginx и сделать тоже самое но в nginx
Но лучше найдите уязвимость и удалите вирус.