Нет под рукой комплексной, что бы говорить наверняка. Но во всех обычных типовых торговых конфигурациях 1С (до БСПшного периода) разрешение торговать в минус со склада находится в дополнительных правах пользователя - меню "Сервис"->"Пользователи"->"Настройка дополнительных прав пользователя", а там ветвь "Документы" и право "Разрешать превышение остатка товаров на складе". В УНФ это сделали как галочку в общих настройках "Контролировать остатки".
То что продажные отчеты вам после такого начнут показывать полный бред, я думаю объяснять не стоит.