Не запретят, а установят приоритет. А именно: первый делом нужно выбирать из софта российского производства, затем идет опенсурс и только потом коммерческий софт иностранного производства.
Написанное Вами на C# приложение будет считаться российской разработкой.
Windows скорее всего как покупали, так и будут покупать, просто потому что, под Linux не будет работать много разного софта.