Можно сделать так.
1 вариант - вообще что бы их не было, они будут удаляться. Править надо файл functions.php в папке вашей темы. П.с. тут осторожнее, можно похерить шаблон, правя этот файл, делайте бекапы. 
global $wpdb;
$attachments = $wpdb->get_results( "
     SELECT * 
     FROM $wpdb->postmeta 
     WHERE meta_key = '_thumbnail_id'
" );
foreach ( $attachments as $attachment ) {
    wp_delete_attachment( $attachment->meta_value, true );
}
$wpdb->query( "
    DELETE FROM $wpdb->postmeta 
    WHERE meta_key = '_thumbnail_id'
" );
2 вариант:
удалите <?php the_post_thumbnail(); ?>  в файле single.php
3 вариант (никогда так не делал, всегда правил functions.php) -  в месте вывода миниатюр прописываем условие if ( has_post_thumbnail() and is_front_page() or is_category() )