Если не принципиально сразу в PDF сканировать, а затрачивать время на конвертирование, то могу предложить
TWAIN@Web. Умеет JPG (с разной степенью сжатия) и BMP.
Я вот своим многим на работе поставил. По счастью PDF (особенно многостраничные) у нас нужны не так часто.
На разные сканеры накидал им ярлыков на рабочий стол.