Electron вроде как лучше подойдет. ***Вопрос с PHP мне и самому очень интересен.
Ionic на базе electron сделан. Но если хочется безАнгуляровой мути или вы юзаете нетиповой фреймворк, то лучше обратиться к первоисточнику. Соответственно Electron лучше.
Так же в Chrome Apps пробовал в прошлом году пару конвертеров приложений и php оборачивался легко, но по факту это тупо обертка к страницам вашего сайта получается.