Теория: для монтированя выполняется еоманда mount. При автомонтировании висит скрипт на автозагрузку (вход в систему), в котором также прописана эта команда mount. Монтирование флешек - просто висит демон, который следит за появлением блочных устройств в системе. Когда они появляются, также выполняется mount.
mount сама по себе требует рутовых прав, однако современные тулзы (gmount, fuse) разрешают делать монтирование из обычного пользователя
