Если вы хотите создать матрицу с предустановленными значениями, лучше воспользуйтесь следующим генератором списков:
[[0 for y in range(5)] for x in range(5)]
А проблема в вашем коде в том, что ['0' * 5] = ['00000'], а не ['0', '0', '0', '0', '0'], по этому вы не можете обратить к 1-му элементу.