В транспортном потоке для каждой программы при формировании контента ставится некий маркер, означающий начало и конец рекламного блока. На платформе, осуществляющей вещание непосредственно в сеть, между парой маркеров вставляется рекламный блок.
Если вы принимаете поток от кого-то, то бесплатных рабочих решений по вставке рекламы нет.
Если вы сами его формируете, ну добавьте или вставьте (обрежьте до нужного места, присоедините рекламу, а затем второй конец) нужный ролик через ffmpeg.