Вы промаркировали трафик, и по роутинг маркам написали маршруты. Но для трафика генерируемого микротиком у вас нет маршрута, так как вы его не пометили. создайте маршрут для 0.0.0.0/0 только с дистанцией побольше чем для маркированного трафика, через него и пойдет впн, как входящий так и исходящий с микротика.