В итоге получилось вот что: по совету 
Сергей Протько я нарыл как сделать необходимый конструктор - 
ссылка. На самом деле нужный класс уже есть тут:
vendor/jms/serializer/tests/JMS/Serializer/Tests/Fixtures/InitializedObjectConstructor.php
И мы просто копируем его к себе в services (меняя при этом неймспейс).
InitializedObjectConstructor.php<?php
/*
 * Copyright 2013 Johannes M. Schmitt <schmittjoh@gmail.com>
 *
 * Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
 * you may not use this file except in compliance with the License.
 * You may obtain a copy of the License at
 *
 *     http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
 *
 * Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
 * distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
 * WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
 * See the License for the specific language governing permissions and
 * limitations under the License.
 */
namespace FiveToFive\ergil\DomainBundle\Service;
use JMS\Serializer\VisitorInterface;
use JMS\Serializer\Metadata\ClassMetadata;
use JMS\Serializer\DeserializationContext;
use JMS\Serializer\Construction\ObjectConstructorInterface;
/**
 * Object constructor that allows deserialization into already constructed
 * objects passed through the deserialization context
 */
class InitializedObjectConstructor implements ObjectConstructorInterface
{
    private $fallbackConstructor;
    /**
     * Constructor.
     *
     * @param ObjectConstructorInterface $fallbackConstructor Fallback object constructor
     */
    public function __construct(ObjectConstructorInterface $fallbackConstructor)
    {
        $this->fallbackConstructor = $fallbackConstructor;
    }
    /**
     * {@inheritdoc}
     */
    public function construct(VisitorInterface $visitor, ClassMetadata $metadata, $data, array $type, DeserializationContext $context)
    {
        if ($context->attributes->containsKey('target') && $context->getDepth() === 1) {
            return $context->attributes->get('target')->get();
        }
        return $this->fallbackConstructor->construct($visitor, $metadata, $data, $type, $context);
    }
}
 
Затем в конфиге прописываем:
services:
    jms_serializer.object_constructor:
        alias: jms_serializer.initialized_object_constructor
        public: false
    jms_serializer.initialized_object_constructor:
         class:        VendorName\Bundle\ApiBundle\Services\InitializedObjectConstructor
         arguments:    ["@jms_serializer.doctrine_object_constructor"]
Далее - контроллер:
/**
     * @param Product $slug
     * @param Request $request
     * @return Product
     *
     * @Rest\Route(requirements={"slug" = "\d+"})
     * @Rest\View(serializerGroups={ "Default", "product_details", "product_categories_list", "image_details" })
     */
    public function putAction(Product $slug, Request $request)
    {
        $productService = $this->get("product.service");
        return $productService->update($slug, $request);
    }
и сервис:
public function update(Product $product, Request $request)
    {
        $deContext = new DeserializationContext();
        $deContext->attributes->set('target', $product);
        // save original id
        $targetId = $product->getId();
        // product and updatedProduct - the same entities with same data
        // I'm assign updatedProduct var ony for better understanding
        $updatedProduct = $this->serializer
            ->deserialize($request->getContent(), 'FiveToFive\ergil\DomainBundle\Entity\Product', 
                                  $request->getContentType(), $deContext);
        // ... some validation ...
        if(!$this->isValid($updatedProduct) || $targetId !== $updatedProduct->getId()) // compare id's
            throw new BadRequestHttpException("Wrong product data");
        $this->em->flush($updatedProduct);
        return $updatedProduct;
    }
Основная фишка - установить target для десерриализации:
$deContext = new DeserializationContext();
$deContext->attributes->set('target', $product);
В качестве бонуса: когда идет запрос на 
[PUT] http://my-api-url/api/products/1
Т.е. запрос на изменение продукта с id = 1, а в теле запроса у нас:
{
    "id": 124,
    "title": "ID dosen't changes!!!!"
}
id равен 124 (то есть он отличается от 1) - в базе все равно обновляется сущность с id === 1 (магия, да и только). (
upd: обновил код сервиса, чтобы выбрасывать исключение в такой ситуации)
PS В итоге буду переходить на symfony\serializer