www.vidyaev.com/2013/03/ga_14.html
www.shopolog.ru/metodichka/analytics/ustanovka-i-n...
Для этого существует способ сбора сдвоенного счетчика Google Analytics:
var _gaq = _gaq || [];
_gaq.push(['_setAccount', 'UA-65432-1']);
_gaq.push(['_trackPageview']);
_gaq.push(['t2._setAccount', 'UA-65432-2']);
_gaq.push(['t2._trackPageview']);
Обратите внимание - второй идентификатор и соответствующая функция trackPageview отделяются префиксом "t2." Префикс может быть любой, например - "b." Суть трекера состоит в том, что он не позволяет кукам разных счетчиков смешиваться, и, благодаря ему, статистика разных счетчиков будет "жить" в своем соответствующем аккаунте/веб ресурсе и т.д.