Вместе с JDK можно скачать и исходный код стандартных библиотек джавы. В любой IDE, зажав CTRL и кликнув по имени того, или иного класса, можно перейти к его исходному коду и полюбопытствовать, что же там такое происходить...
В вашем примере мы видим два конструктора, один принимает символьный поток (Reader), а другой - байтовый поток ("сырые" данные) (InputStream).
Scanner предназначен для удобного чтения текста из потока, т.е. ему нужен символьный поток (Reader). А что он делает с байтовым поток? - правильно, оборачивает его в Reader:) И если зайти в код конструктора, то мы это увидем:
public Scanner(InputStream source) {
this(new InputStreamReader(source), WHITESPACE_PATTERN);
}
Все просто, в зависимости от доступного вам потока (Reader/InputStream), вы используете соответствующий конструктор Scanner-а. В вашем примере оба варианта делают одно и тоже.
Библиотека java.io состоит из декораторов (паттерн такой), они как матрешки, вкладывая их один в другой, вы добавляете функционал.
Байтовы поток, а нужен символьный? - пффф... обвернули его InputStreamReader. Нужна буферизация? - легко, Обвернули в BufferedReader.
