Правильно сказали - нужно профилировать запросы. Сперва нужно установить причину. Найти тормозный запрос, проверить индексы, посмотреть в EXPLAIN. По своему опыту скажу, что Джанго ORM иногда создает такие запросы (например, исключение через подзапрос и т.п.), что единственное приемлемое решение будет не использовать билдер запросов от Джанги, а использовать Raw-SQL. Однако я
не большой сторонник Raw-SQL, и меня в таком случае часто выручает
эта библиотечка для построения SQL запросов. Если делается много одиночных запросов связями, - то prefetch_related().