У вас должна быть ORM которая через себя прогоняет данные и ей должно быть без разницы куда и как вы эти данные из нее принимаете или отдаете. Она должна все данные, которые попадают в нее подгонять под себя. И все манипуляции с БД проводить только через нее.
пример добавления
model::add( array( ... ) );
model::find( array( ... ) );
model::append( $_POST );
// и так далее
Выполняют ли популярные фреймворки, работающие с MySQL, промежуточное преобразование в объект?
Многие из них. Только скорее всего каждый по своему.