Единственный 100% способ, это делать ресайз картинки из исходного размера в исходный, убирая из нее всю «мета» информацию, а лучше меняя даже формат. Чтобы не заливали bmp/tiff :)
Я положу в jpg-meta "Creator="<? exec('rm -rf ../'); ?> и это будет нормальная картинка, которая пройдет все ваши фильтры…
А потом через дыру в инклудах каких-нить приинклудю эту картинку. И мне не критично — какое у нее будет расширение, как ее переименовали и какие у нее права. Достаточно только на чтение.