Стойкость шифра определяется не только алгоритмом, но и длинной ключа. Например, Шифрование AES-256 более стойкое, чем RSA 512.
Обычно большие объемы данных шифруются симметричным алгоритмом, так как это намного быстрее, нежели ассиметричным (при сопоставимой криптостойкости).
А вот как производить обмен ключами - вопрос отдельный. Это зависит от разных параметров, вроде того, кто куда отправляет. Если вы скидываете с одного компьютера файлы да другой (то есть у вас всего 2 участника обмена), то можно обойтись простым общим ключом. Если же участников обмена много, то для обмена ключами может использоваться ассиметричный алгоритм.