Для Windows Server 2008 R2 встроенный Windows Server Backup не поддерживает резервное копирование ВМ на CSV томе, поэтому есть следующие решения:
1) Использовать MS DPM, Symantec Backup Exec, Veeam Backup & Replication и иже с ними.
2) Бекапиться внутри гостевой ОС.
3) Выключать или приостанавливать ВМ на период бекапа и копировать файлы ВМ чем угодно.
4) Переводить CSV в redirected access mode, делать снэпшот с помощью vssadmin, монтировать снэпшот, копировать папку с ВМ в нужное место, размонтировать и удалить снэпшот.