А у вас на обоих свичах 15 IOS?
Там какие-то IOS считали hash по престандарту вроде.
Ведь для того, чтобы mst сошёлся, надо, чтобы хэш совпадал, а на разных версиях он может по разному высчитываться.
Если свичи оба root, значит они создали независимые домены mstp, то есть по сути разные инстансы.