однозначно на файловой системе, рыба отдельно мухи отдельно.
если у вас большая проблема с размерами и количеством файлов то тут можно порекомендовать
1.ssd с отсутствующими головками как класс, как следствие среднее время поиска файла в 50К раз выше.
2. При очень большом количестве файлов, ограничения наоложеные файловой системой будут уже значительны ( по поиску последних) то можно пойти по пути цукерберга, форматировать ФАЙЛ! под ext2 = файл блочное устройство. размеро 1x1 к размеру самого винта, монтировать его как устройство, в таком случае физически файл будет 1 а алгоритм поиска внутри 1 файла работает быстрей чем поиск по самим файлам, так что профит будет очевиден.
Но сдается мне что тут не тот случай.
БД вообще не самая быстрая штука в мире, ее основная задача всеже совершение транзакций, при этом приходится чем-то жертвовать. В данном случае скоростью. Так что хранить в бд что-то это вообще не умная мысль, и уж тем более вещи котолрые без нее вообще здорово себе живут.